¿Cómo lo escribirías?

La respuesta correcta es "estaban vacíos". Esto se debe a que en las oraciones copulativas (ser o estar) el atributo debe concordar con el núcleo del sujeto para conservar el sentido de lo que tratamos de decir.

No hacemos nada con cuidar la concordancia perfecta en detrimento de la comprensión.